Afdeling Beleid streeft naar een veilig en vlot verkeer op de maritieme vaarwegen. Ze neemt deel aan nautisch en technisch overleg en volgt alle regelgeving op voor de Vlaamse zeehavens, de vaarwegen en de scheepvaart. De afdeling vertolkt het standpunt van Vlaanderen op Europees en internationaal vlak. Omgekeerd zet ze de internationale en Europese regelgeving om in een Vlaams beleid, met speciale aandacht voor de bereikbaarheid van de havens.
Een goed bereikbare haven is cruciaal om te concurreren met havens in het buitenland. Daarom bouwt de afdeling ook aan logistieke expertise. Samen met het agentschap voor Maritieme Dienstverlening en Kust (MDK) en afdeling Maritieme Toegang wordt ook gezorgd voor een vlotte dienstverlening aan de scheepvaart en de havens. Voor het Scheldegebied wordt samengewerkt met Nederland.